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黑毛皮蠹线粒体基因组分析及皮蠹科系统发育分析

更新时间:2009-03-28

皮蠹科(Dermestidae)是鞘翅目长蠹总科中的一个重要的具有检疫意义的储藏物害虫类群(Lawrence and Britton, 1991; Kiselyova and Mchugh, 2006; Bocak et al., 2014),有6个亚科:皮蠹亚科(Dermestinae)、圆胸皮蠹亚科(Thorictinae)、光皮蠹亚科(Orphilinae)、鬃皮蠹亚科(Trinodinae)、毛皮蠹亚科(Attageninae)、长皮蠹亚科(Megatominae)(Bouchard et al., 2011),共34个属,大约1 000种(Mroczkowski, 1968; Beal, 1991; Hava, 2003),我国已知有8属40余种。

6) 应急换向。该操作是将车钟手柄从海上全速正车位置直接扳到倒车任意位置时的一种紧急操作。在应急换向情况下,主机转速下降到制动转速,输出空气刹车指令控制主机转速快速下降,待主机停机之后反向启动主机。

皮蠹科昆虫分布较广,食性复杂,主要危害动物尸体、各种药材、毛织服装类、皮张等储藏物(赵养昌等, 1966; 张生芳等, 2007, 2008),因此对皮蠹科昆虫的系统发育学研究从经济角度具有重要意义。昆虫的线粒体基因组是一个环状闭合的双链DNA分子,一般包含37个基因——13个蛋白质编码基因(cox1, cox2, cox3, cytb, atp6, atp8, nad1, nad2, nad3, nad4, nad4L, nad5和nad6)、22个转运RNA (tRNA)基因和2个核糖体RNA(12S rRNA和16S rRNA)基因,还有一段控制区(control region, CR),由于A/T碱基含量较高,也叫做A+T富含区。

近年来,对皮蠹科的研究较少,主要集中在依据传统形态特征和分子数据进行分类鉴定及利用形态特征进行系统发育研究(Kiselyova and Mchugh, 2006; 张生芳等, 2007; 马骏等, 2009; 刘聪等, 2012; 邓海娟等, 2014; 周萍等, 2015)。目前(截止到2017年9月)GenBank上已提交的皮蠹科的线粒体基因组仅4个,而且均为不完全的线粒体基因组,已提交的单个cox1基因虽然有507个,但也是不全的基因片段且重复较多。本研究测定了皮蠹科黑毛皮蠹Attagenus unicolor japonicus近线粒体全基因组,并对线粒体基因组进行了全面分析,基于NCBI上已有的cox1基因5′端序列进行了皮蠹科系统发育分析,为皮蠹科的分类情况及皮蠹科的线粒体基因组研究提供科学数据。

1 材料与方法

1.1 标本采集和DNA提取

黑毛皮蠹标本在2015年5月采集于河南省信阳鸡公山自然保护区,然后浸泡在无水乙醇中-20℃保存。根据天根公司的血液/细胞/组织基因组DNA提取试剂盒(TIANamp Genomic DNA Kit)步骤提取黑毛皮蠹昆虫的足和前胸背板的肌肉获得总DNA。

1.2 线粒体基因组的获得

将提取的黑毛皮蠹总DNA利用紫外分光光度计及1%的琼脂糖凝胶电泳进行浓度检测和纯度检测,检测合格后送与上海欧易公司利用Illumina HiSeq2500平台进行二代测序,共得到约1 Gb的双端测序长度为150 bp的片段,将得到的原始序列删除连接物、未配对的序列以及一些短的、质量差的序列后,高质量的序列利用SOAPdenovo-Trans(Xie et al., 2014)进行组装拼接。

1.3 线粒体基因组的拼接矫正

我们根据组装得到的contigs利用Bioedit 7.0.5.3版本(Hall, 1999)进行本地建库,然后利用GenBank上已提交的鞘翅目皮蠹科线粒体基因组的cox1, 12S rRNA和cytb序列进行搜索比对,接着把确认为线粒体基因组的3条序列上传至Mitos(Bernt et al., 2013)进行注释分析,将Mitos分析确定的线粒体基因组利用NCBI Blast(https:∥blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome)和BOLD数据库(http:∥www.boldsystems.org/index.php/IDS_OpenIdEngine)进行分子鉴定,鉴定结果确定是皮蠹科毛皮蠹亚科毛皮蠹属昆虫,从而验证了传统形态鉴定(祝长清等, 1999)。

根据GenBank中已有的皮蠹科的线粒体基因组将Mitos注释过的黑毛皮蠹的线粒体基因组所有基因位点进行手动矫正,其中蛋白质编码基因利用MEGA 5.0(Tamura et al., 2011)进行翻译比对,确定基因正确起始、终止位点;tRNAs和rRNAs利用MAFFT Version 7在线软件(https:∥mafft.cbrc.jp/alignment/server/)进行比对,最终确定每个基因的正确起始、终止位点。从组装分析结果来看,仅控制区不完整。

1.4 线粒体基因组分析

本研究利用OAGRAW Version 1.1(http:∥ogdraw.mpimp-golm.mpg.de/cgi-bin/ogdraw.pl)软件绘制了黑毛皮蠹的线粒体基因组结构图。

利用MEGA 5.0(Tamura et al., 2011)对黑毛皮蠹线粒体基因组的13个蛋白质编码基因进行了碱基组成、密码子使用情况及密码子使用频率分析。22个tRNA二级结构依据Mitos分析结果进行绘制。黑毛皮蠹的12S rRNA和16S rRNA的二级结构依据西方蜜蜂Apis mellifera(Gillespie et al., 2006)和黑腹果蝇Drosophila melanogaster(Kobayashi and Okada, 1990)的rRNAs的二级结构模型进行绘制。

1.5 系统发育分析

1.5.1 cox1矩阵碱基替换饱和性检测:本研究利用DAMBE(Xia, 2013)选择无脊椎动物线粒体DNA(invertebrate mitochondrial DNA, InvMtDNA)第5套密码子表对cox1核苷酸序列进行核苷酸替代饱和性分析。

腕表搭载的飞行陀飞轮、品牌图腾“灵燕”以及无卡度游丝,是表款高复杂机心的基石。飞行陀飞轮是将所有框架支撑都设置在底部,陀飞轮运转时如同悬浮一般,与象征着“神秘”“祥瑞”的灵燕相得益彰,将古老的东方美学与现代高复杂技艺融合,对深邃东方文化遥相呼应。而无卡度游丝对手工技艺要求极高,需纯手工调节,是对制表技艺的极致考验。

2.2 临床疗效及转归 治疗后,痊愈39例,治愈率为69.64%(39/56);治疗无效病死9例,放弃治疗后病死8例,病死率为30.36%(17/56)。其中,病死与VAP之间存在关联的患儿有11例,占总病死患儿的64.71%(11/17)。

1.5.2 系统发育树构建:该研究基于已测得黑毛皮蠹线粒体基因组中cox1序列结合GenBank中已有cox1的5′端序列(长度约700 bp)39个(涉及34个皮蠹科物种及作为外群的5个窃蠹科物种)组成的矩阵利用最大似然法和贝叶斯法进行系统发育构建。cox1数据集利用MEGA 5.0(Tamura et al., 2011)进行比对。该研究利用IQ-TREE(Nguyen et al., 2015)网上服务器(http:∥iqtree.cibiv.univie.ac.at/)基于cox1组成的核苷酸序列矩阵进行最大似然法分析,模型为GTR,构建了系统发育树ML-cox1DNA,系统发育树的节点支持率由自举检验置信度(3 000次重复)进行评估。该研究利用CIPRES Science Gateway (http:∥www.phylo.org/)网上服务器中的Mrbayes 3.2.6工具构建了贝叶斯树BI-cox1DNA,其参数如下:lset nst=6, rates=invgamma, mcmcp ngen=10 000 000, relburnin=yes, burninfrac=0.25, printfreq=1 000, samplefreq=1 000, nruns=2, nchains=4, savebrlens=yes。节点支持率由贝叶斯后验概率(Bayesian posterior probabilities, PP)表示。

2 结果

2.1 线粒体基因组结构

黑毛皮蠹的线粒体基因组长度为14 793 bp,其中A+T含量为72.38%,G+C含量为27.62%,共包含37个基因和一段控制区,但控制区不完整,仅178 bp,黑毛皮蠹线粒体基因组结构图如图1所示。黑毛皮蠹的线粒体基因组注释如表1所示,该线粒体基因组已提交至NCBI数据库,其登录号为MG017450。

2.2 蛋白质编码基因分析

黑毛皮蠹的线粒体基因组中13个蛋白质编码基因总长度为11 144 bp(仅计算13个蛋白质编码基因长度之和,不计基因间隔),A+T含量为71%,G+C含量为29%,其中nad3, nad4, nad4L, nad5, nad6, cox1, cox2, cox3, cytb, atp8和atp6基因的起始密码子均是典型的ATN,而nad2和nad1基因的起始密码子是TTG;nad1, nad2, nad3, nad4, nad4L, cox1, cox3, atp8和atp6基因的终止密码子均是典型的TAA和TAG,而cox2, nad5和nad6都是以T结尾。13个蛋白质编码基因序列的氨基酸使用情况中,亮氨酸(Leu)、丝氨酸(Ser)、苯丙氨酸(Phe)、异亮氨酸(Ile)使用频率较高,平均比例依次为13.845%, 9.492%, 9.951%和9.355%。半胱氨酸(Cys)、精氨酸(Arg)、组氨酸(His)、天冬氨酸(Asp)使用较低,平均比例依次为1.082%, 1.514%, 1.839%和1.812%。atp8中出现的氨基酸种类最少,半胱氨酸(Cys)、天冬氨酸(Asp)、谷氨酸(Glu)、甘氨酸(Gly)、组氨酸(His)和精氨酸(Arg)都未出现,cox1, nad4L, nad1和nad6序列中出现氨基酸种类约18种,剩余蛋白质编码基因序列中出现的氨基酸种类均是20种。13个蛋白质编码基因序列的密码子使用情况如表2所示。

 
 

图1 黑毛皮蠹线粒体基因组结构图Fig. 1 Mitochondrial genome structure of Attagenus unicolor japonicus加粗线条外侧表示基因方向为顺时针,内侧表示基因方向为逆时针。The outer circle represents genes on the heavy strand (clockwise), while the inner circle represents genes on the light strand (counterclockwise).

2.3 tRNA基因分析

黑毛皮蠹的线粒体基因组中22个tRNA基因总长度为1 435 bp(仅计算22个tRNA基因长度之和,不计基因重叠),A+T含量为74.56%,G+C含量为25.44%,其二级结构中除trnS1之外所有的tRNAs均是典型的三叶草结构,trnS1缺少DHU臂而形成了一个简单的环,不能形成稳定的三叶草结构。另外,trnS1的反密码子变成了UCU,而不是更常见的GCU。碱基配对中除了典型的Waston-Crick配对A-U、G-C外,G·U配对也是存在的,称之为非典型配对,也称为摆动配对(wobble base pairs)。在22个tRNAs的二级结构中,出现一些碱基错配及非规范配对现象。trnM中出现了AC碱基对错配情况,trnW出现AG碱基对错配情况,trnL1, trnL2, trnT, trnFtrnV出现UU碱基对错配情况,trnC, trnY, trnG, trnA, trnS1, trnH, trnP, trnFtrnL1出现非规范性碱基对G·U。

1966年,调水入洪泽湖的时间有36个旬,入洪泽湖泵站装机利用小时为8 000 h,入湖平均流量为411 m3/s;由于部分时间洪泽湖水位低于北调控制水位,调水出洪泽湖的时间只有20个旬,主要在11月—5月中旬,出洪泽湖泵站装机利用小时为3 500 h,出湖平均流量为140 m3/s。

 

表1 黑毛皮蠹线粒体基因组注释Table 1 Annotation of the mitochondrial genome of Attagenus unicolor japonicus

  

基因Gene基因长度(bp)Gene length起始位置(bp)Start position终止位置(bp)Stop position基因间隔(bp)Intergenic length起始密码子Start codon终止密码子Stop codon反密码子Anticodon编码链Coding strandtrnI6565129-3GATHtrnQ69127195-1TTGLtrnM691952630CATHnad21 0052641 2682TTGTAAHtrnW651 2711 335-8TCAHtrnC631 3281 3900GCALtrnY641 3911 454-8GTALcox11 5481 4472 994-5ATTTAAHtrnL2662 9903 0550TAAHcox26823 0563 7370ATATHtrnK693 7383 8060CTTHtrnD663 8073 8720GTCHatp81563 8734 028-7ATCTAAHatp66694 0224 690-1ATGTAAHcox37894 6905 478-1ATGTAAHtrnG665 4785 5430TCCHnad33515 5445 894-2ATATAGHtrnA655 8935 9570TGCHtrnR645 9586 0213TCGHtrnN656 0256 0890GTTHtrnS1676 0906 1560TCTHtrnE636 1576 219-2TTCHtrnF636 2186 2800GAALnad51 7146 2817 9940ATTTLtrnH627 9958 056-1GTGLnad41 3328 0569 387-7ATGTAALnad4L2829 3819 66210ATATAALtrnT629 6739 7340TGTHtrnP649 7359 7981TGGLnad65259 80010 324-5ATTTAAHcytb1 12810 32011 447-2ATTTAAHtrnS26711 44611 51218TGAHnad195111 53112 4811TTGTAALtrnL16112 48312 5430TAGL16S rRNA1 25712 54413 8000LtrnV7013 80113 8700TACL12S rRNA74513 87114 6150LPartial CR17814 61614 79364非编码序列Non-coding sequence

H: 重链Heavy strand; L: 轻链Light strand. T表示不完全终止密码子,通常认为是转录后的mRNA的3′端的A补充为完整的终止密码子。 “T” indicates the incomplete stop codon. It is generally assumed that TAA stop codon is completed by the addition of 3′ A to the mRNA.

 

表2 黑毛皮蠹线粒体基因组13个蛋白质编码基因的相对密码子使用频率Table 2 Relative synonymous codon usage of 13 protein-coding genes of the mitochondrial genome of Attagenus unicolor japonicus

  

密码子Codon数量CountRSCU密码子Codon数量CountRSCU密码子Codon数量CountRSCU密码子Codon数量CountRSCUUUU(F)3141.48UCU(S)451.09UAU(Y)1811.57UGU(C)431.32UUC(F)1110.52UCC(S)330.80UAC(Y)500.43UGC(C)220.68UUA(L)1541.96UCA(S)862.08UAA(*)1351.32UGA(W)631.17UUG(L)831.06UCG(S)160.39UAG(*)690.68UGG(W)450.83CUU(L)931.18CCU(P)421.54CAU(H)601.45CGU(R)40.38CUC(L)320.41CCC(P)260.95CAC(H)230.55CGC(R)50.48CUA(L)770.98CCA(P)331.21CAA(Q)731.51CGA(R)222.10CUG(L)330.42CCG(P)80.29CAG(Q)240.49CGG(R)111.05AUU(I)2431.57ACU(T)511.23AAU(N)1521.46AGU(S)390.94AUC(I)660.43ACC(T)310.75AAC(N)560.54AGC(S)290.70AUA(M)1341.48ACA(T)731.76AAA(K)1081.58AGA(S)421.02AUG(M)470.52ACG(T)110.27AAG(K)290.42AGG(S)410.99GUU(V)641.63GCU(A)191.03GAU(D)581.51GGU(G)360.94GUC(V)210.54GCC(A)251.35GAC(D)190.49GGC(G)130.34GUA(V)551.40GCA(A)261.41GAA(E)611.45GGA(G)581.51GUG(V)170.43GCG(A)40.22GAG(E)230.55GGG(G)471.22

RSCU: 相对密码子使用频率Relative synonymous codon usage. *终止密码子Stop codon.

2.4 rRNA基因分析

Lawrence JF, Britton EB, 1991. Coleoptera (beetles). In: Naumann ID, Came PB, Lawrence JF, Nielsen ES, Spradbery JP, Taylor RW, Whitten MJ, Littlejohn MJ eds. The Insects of Australia: a Textbook for Students and Research Workers. 2nd ed. Division of Entomology, CSIRO, Australia. Melbourne University Press, Carlton, Victoria. 543-683.

2.5 cox1数据集的系统发育信号检测

本研究利用DAMBE(Xia, 2013)软件对cox1核苷酸序列进行核苷酸替代饱和性分析。结果如表3所示,39个类群的cox1序列密码子第3位点出现饱和,第1位点和第2位点比较保守。

 

表3 利用DAMBE检测cox1序列碱基替换饱和性Table 3 Sequence saturation test of cox1 performed by DAMBE

  

数据集Data baseNumOTUIssIss.cSymPIss.cAsymP39taxa-cox1序列的第1位点39taxa-cox1_1320.1840.6860.0000 0.3670.000039taxa-cox1序列的第2位点39taxa-cox1_2320.0950.6860.0000 0.3670.000039taxa-cox1序列的第3位点39taxa-cox1_3320.7440.6860.0578 0.3670.000039taxa-cox1序列的第1和2位点39taxa-cox1_1+2320.1340.6950.0000 0.3670.000039taxa-cox1的核苷酸全序列39taxa-cox1_1+2+3320.2900.7180.0000 0.3920.0000

NumOTU: 可操作分类单元数量Number of operational taxonomic units; P: 概率Probability; Iss: 替换饱和指数Index of substitution saturation; Iss.cSym: 假设拓扑结构对称Iss.c assuming a symmetrical topology; Iss.cAsym: 假设拓扑结构不对称Iss.c assuming an asymmetrical topology. Iss<Iss.c: 不饱和 None saturation; Iss>Iss.c: 替换饱和Substitution saturation. 出现饱和的数据加粗显示。Saturation data are indicated in bold.

2.6 系统发育分析

以窃蠹科作为外群,基于皮蠹科34个种的cox1基因的核苷酸序列矩阵利用最大似然法和贝叶斯法构建的系统发育树ML-cox1DNA和BI-cox1DNA如图2和3所示,两个系统发育树的拓扑结构大致相同。皮蠹科内亚科级别的系统发育关系为,((长皮蠹亚科(Megatominae)+毛皮蠹亚科(Attageninae))+皮蠹亚科(Dermestinae))。长皮蠹亚科(Megatominae)与毛皮蠹亚科构成姐妹群,节点支持率为96。长皮蠹亚科(Megatominae)和毛皮蠹亚科(Attageninae)聚为一支,与皮蠹亚科(Dermestinae)构成姐妹群,节点支持率为100。长皮蠹亚科(Megatominae)15个物种主要聚为两大簇:圆皮蠹属Anthrenus为单系群,与Ctesias和球角圆皮蠹属Globicornis聚为一簇;斑皮蠹属Trogoderma为多系群,与AnthrenocerusReesa共聚为一簇。毛皮蠹亚科(Attageninae)9个物种聚为一支,毛皮蠹属Attagenus为并系群。皮蠹亚科(Dermestinae)10个物种聚为一支,皮蠹属Dermestes为单系群。

 
 

图2 最大似然法构建的基于39个物种的cox1核苷酸序列的系统发育树Fig. 2 Phylogenetic tree of 39 species based on nucleotide sequence of cox1 using maximum likelihood method节点旁数字代表ML树的支持率。Node numbers refer to bootstrap support values.

3 结论与讨论

3.1 线粒体基因组结构

黑毛皮蠹的线粒体基因组长度为14 793 bp,包含37个基因和一段控制区,其线粒体基因组的方向及基因排列顺序都和假定同一祖先的不同昆虫的线粒体基因组完全一样(Boore, 1999)。黑毛皮蠹的线粒体基因组13个蛋白质编码基因中,除cox2, nad5及nad6终止密码子以T结尾之外,所有蛋白质编码基因的终止密码子均是典型的TAA和TAG,通常认为是转录后的mRNA的3′端的A补充为完整的终止密码子。

 
 

图3 贝叶斯法构建的基于39个物种的cox1核苷酸序列的系统发育树Fig. 3 Phylogenetic tree of 39 species based on nucleotide sequence of cox1 using Bayesian inference节点旁数字代表BI树的后验概率。Node numbers refer to Bayesian posterior probabilities.

黑毛皮蠹的线粒体基因组22个tRNA基因中除了trnS1之外所均是典型的三叶草结构,trnS1缺少DHU臂而形成了一个简单的环,不能形成稳定的三叶草结构,这在昆虫纲其他类群的昆虫中也出现过(Bae et al., 2004; Kim et al., 2005; Stewart and Beckenbach, 2005; Li et al., 2012; Sun et al., 2012; Wang et al., 2012; Wang and Tang, 2017)。另外,trnS1的反密码子变成了UCU而不是更常见的GCU,这种情况在鞘翅目甲虫研究中也有出现(Stewart and Beckenbach, 2003; Friedrich and Muquim, 2003; Sheffield et al., 2008; Wang et al., 2012),Friedrich和Muquim(2003)认为trnS1的反密码子由GCU变为UCU在节肢动物的演化中多次出现的(Hickerson and Cunningham, 2000; Shao et al., 2001)。Sheffield等(2008)研究表明,虽然节肢动物中trnS1的反密码子一般是GCU,但保守的反密码子UCU在多食亚目中可能是一个共源性状。

黑毛皮蠹的12S rRNA二级结构中,螺旋H47序列变异性较高,不同模型的二级结构也不相同,黑毛皮蠹的螺旋H47结构由一个长茎和一个大环组成,这和Gillespie等(2006)绘制的西方蜜蜂A. mellifera的12S rRNA二级结构中的螺旋H47结构一致,但Zhang等(2016)描述的黄粉虫Tenebrio molitor的12S rRNA二级结构中的螺旋H47则是由2个长茎、1个短茎和3个环组成。在16S rRNA二级结构中包括5个结构域(第Ⅰ, Ⅱ, Ⅳ, Ⅴ和Ⅵ结构域),第Ⅲ结构域通常缺失变成一条单一的核苷酸链将第Ⅱ结构域和第Ⅳ结构域连接到一起。

3.2 系统发育分析

Nguyen LT, Schmidt HA, von Haeseler A, Minh BQ, 2015. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum likelihood phylogenies. Mol. Biol. Evol., 32(1): 268-274.

Castalanelli等(2011)利用线粒体基因cox1, cytb和18S rRNA核基因对皮蠹科进行系统发育分析,结果表明斑皮蠹属Trogoderma是多系群,并估算皮蠹科的起源已经有1.75亿年。邓海娟等(2014)基于皮蠹科3属的线粒体基因组的cox1序列进行系统发育分析表明,线粒体基因组中的cox1基因可以作为分子水平上的依据进行皮蠹科昆虫生物系统发育分析。本研究虽然解释了皮蠹科中一部分类群的系统发育关系,但取样仍较少,且仅有部分cox1序列,分子依据较少。因此,未来的研究应该加大皮蠹科的取样物种数量和线粒体基因组的数量,利用更多数据去分析皮蠹科的系统发育及皮蠹科的分类地位。

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“微型探究”策略引导:设计“微型探究”问题时必须考虑学生已有的认知,找准探究情境与教学内容之间的有效结合点,设计出合理的、具有思考价值的若干个问题串,通过“微型探究”,让学生体验数学家对数学概念的抽象过程,领悟探索知识的思维方法,由“知其然”发展到“知其所以然”,并体会蕴涵其中的数学思想方法,从而实现学习价值的最大化和最优化.

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Bocak L, Barton C, Crampton-platt A, Chesters D, Ahrens D, Vogler AP, 2014. Building the Coleoptera tree-of-life for >8000 species: composition of public DNA data and fit with Linnaean classification. Syst. Entomol., 39(1): 97-110.

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(四)通过合作学习的方式促进学习。我们需要培养学生在学习的过程中学会合作的能力。这一能力是所有人步入社会最需要具备的能力之一,因为每一个人都不可能十全十美,我们需要通过合作的方式,发挥每一个人的优点。而语文教学过程通过合作的方式,让学生可以自主的进行分配学习任务,自主的进行学习。让学生彼此之间能够进行交流,让一个思想变成多个思想,通过合作的方式促进彼此之间的成长。

Friedrich M, Muquim N, 2003. Sequence and phylogenetic analysis of the complete mitochondrial genome of the flour beetle Tribolium castanaeum. Mol. Biol. Evol., 26(3): 502-512.

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Kiselyova T, Mchugh JV, 2006. A phylogenetic study of Dermestidae (Coleoptera) based on larval morphology. Syst. Entomol., 31(3): 469-507.

目前国内农业需求市场冷清;工业方面,复合肥和胶合板企业开工率持续保持低位,原料采购和贸易商备肥需求受高价影响有所缩减,但生产企业库存压力较小,挺价意愿明显。国际方面,国际价格持续上涨。供给方面,尿素开工率缓慢上行。综上预计近期尿素价格或将稳中略跌,需要关注下游采购情况。

Kobayashi S, Okada M, 1990. Complete cDNA sequence encoding mitochondrial large ribosomal RNA of Drosophila melanogaster. Nucleic Acids Res., 18(15): 4592.

本研究依据西方蜜蜂A. mellifera(Gillespie et al., 2006)和黑腹果蝇D. melanogaster(Kobayashi and Okada, 1990)的rRNAs的二级结构模型绘制了黑毛皮蠹的12S rRNA和16S rRNA的二级结构。12S rRNA长度为745 bp,位于trnV和控制区之间,A+T含量为75.30%,G+C含量为24.70%,其二级结构包括4个结构域(第Ⅰ-Ⅳ结构域),共27个螺旋,其中螺旋H47序列变异性较高,由一个长茎和一个大环组成。16S rRNA长度为1 257 bp,位于trnL1和trnV之间,A+T含量为78.28%,G+C含量为21.72%,其二级结构包括5个结构域(第Ⅰ, Ⅱ, Ⅳ, Ⅴ和Ⅵ结构域),第Ⅲ结构域普遍缺失而变成一条单一的核苷酸链连接第Ⅱ和第Ⅳ结构域,共44个螺旋。

Lawrence JF, Newton AF, 1982. Evolution and classification of beetles. Annu. Rev. Ecol. Syst., 13(1): 261-290.

Li H, Liu HY, Cao LM, Shi AM, Cai WZ, 2012. The complete mitochondrial genome of the damsel bug Alloeorhynchus bakeri (Hemiptera: Nabidae). Int. J. Biol. Macromol., 8(1): 93-107.

Xia X, 2013. DAMBE5: a comprehensive sofware package for data analysis in molecular biology and evolution. Mol. Biol. Evol., 30(7): 1720-1728.

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Mroczkowski M, 1968. Distribution of the Dermestidae (Coleoptera) of the world with a catalogue of all known species. Ann. Zool., 26(3): 15-191.

根据最大似然法获得的ML-cox1DNA树和贝叶斯法获得的BI-cox1DNA树拓扑结构一致,系统发育分析结果表明皮蠹科是单系群。皮蠹科通常也被视为一个单系群(Lawrence and Newton, 1982; Beutel, 1996; Zhantiev, 2000),Kiselyova和Mchugh (2006)基于幼虫形态特征构建皮蠹科系统发育表明,皮蠹科中除去Orphilus后是单系群,但本研究cox1数据集中并未有Orphilus物种的数据参与。皮蠹科内亚科级别的系统发育关系:长皮蠹亚科(Megatominae)与毛皮蠹亚科(Attageninae)构成姐妹群,长皮蠹亚科(Megatominae)和毛皮蠹亚科(Attageninae)聚为一支与皮蠹亚科(Dermestinae)构成姐妹群。Zhantiev(2000)基于皮蠹科成虫、蛹及幼虫各阶段形态特征构建了皮蠹科系统进化树,该研究将皮蠹科分为3个亚科:皮蠹亚科(Dermestinae)、光皮蠹亚科(Orphilinae)及圆皮蠹亚科(Anthreninae),Zhantiev(2000)系统进化树结果与本文系统发育结果几乎一致,都支持皮蠹亚科(Dermestinae)为单系群,且支持皮蠹亚科(Dermestinae)与皮蠹科剩余类群构成姐妹群。Kiselyova和Mchugh(2006)研究结果也表明皮蠹亚科(Dermestinae)与皮蠹科剩余类群构成姐妹群。但是由于Zhantiev(2000)将皮蠹科分为3个亚科,毛皮蠹亚科(Attageninae)和长皮蠹亚科(Megatominae)在其系统发育结果中未有命名,但是从属的级别上来看,现在被划分为毛皮蠹亚科(Attageninae)和长皮蠹亚科(Megatominae)下的属也聚为一支,这点和本研究的系统发育树结果是一致的,但由于本研究取样仅包括3个亚科,长皮蠹亚科(Megatominae)和毛皮蠹亚科(Attageninae)构成姐妹群的关系还有待其他证据的补充和验证。本研究系统发育树的总体节点支持率较高,但个别节支位点支持率较低,原因可能是取样较少,有些属未取到样,有些属仅取一个种,这是由于皮蠹科物种中已有的cox1序列还不够全面;另外,一般情况下,越靠近树的根部节点支持率会降低,但本研究构建的系统发育树的根部节点支持率较高,分支底部反而降低,这是因为本研究选取的皮蠹科的cox1 5′端序列部分物种序列一致性较高,但并不是序列一致性越高,其节点支持率就越高。当序列一致性过高时,其序列差异度更小,不易区分,这类序列与其他序列进行构建系统发育树的时候聚在一起的可能性会相同,其构建的系统发育树就会出现偏差,节点支持率也会降低。皮蠹亚科(Dermestinae)内的皮蠹属Dermestes及长皮蠹亚科(Megatominae)内的圆皮蠹属Anthrenus均是单系群,斑皮蠹属Trogoderma是多系群这一系列结论与Kiselyova和Mchugh(2006)研究结果一致。

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光照弱、温度低,棚内、外温差大:养殖过程中一定要防止棚的胶纸破损或棚的倒塌,保持棚内合适的温度和生长环境。

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Stewart JB, Beckenbach AT, 2003. Phylogenetic and genomic analysis of the complete mitochondrial DNA sequence of the spotted asparagus beetle Crioceris duodecimpunctata. Mol. Biol. Evol., 26(3): 513-526.

各向同性材料:本身具有各向同性属性的原料,多种物料均匀混合,各微小颗粒体虽然具有各向异性属性,但由于大量微小颗粒的随机分布,可以将其均匀混合物近似视为各向同性材料。配合饲料虽然由玉米等大量各向异性原料微粒混合而成,但由于大量微粒的随机分布和排列,可将模孔中的物料颗粒近似视为各项同性材料(武凯等,2013)。各向同性材料其实是横观各向同性材料的特殊情况。

Tamura K, Peterson D, Peterson N, Stecher G, Nei M, Kumar S, 2011. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol., 28(10): 2371-2739.

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一辆2007款一汽大众速腾,搭载手动挡变速器和1.6L发动机,发动机无法正常关闭。因此故障曾在其他维修厂进行过维修,更换了点火开关仍然无法排除故障,才转到我厂进一步维修。

Xie Y, Wu G, Tang J, Luo R, Patterson J, Liu S, Huang W, He G, Gu S, Li S, Zhou X, Lam TW, Li Y, Xu X, Wong GK, Wang J, 2014. SOAPdenovo-Trans: de novo transcriptome assembly with short RNA-Seq reads. Bioinformatics, 30(12): 1660-1666.

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在实验室中取得压载水样品之后,对其进行1∶10稀释,得到稀释溶液(尽量使得样品中的细菌细胞分散开,即成为单个细胞存在,以保证1个菌落代表1个细胞),从稀释溶液中抽取一定量的稀释液接种到平板中,使其均匀分布于平板中的培养基内。培养8 h后,形成菌落,通过统计菌落数目,即可计算出样品中的含菌数量。另外根据不同的细菌形成菌落后存在的明显差异,可通过对菌落的形态特征观察对比来判断出细菌的种类。

Zhang SF, Chen HJ, Xue GH, 2008. Coloured Illustrated Handbook of Storage Beetle. China Agricultural Scientech Press, Beijing. 20. [张生芳, 陈洪俊, 薛光华, 2008. 储藏物甲虫彩色图鉴. 北京: 中国农业科学技术出版社. 20]

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式中*表示卷积运算符,在实际光学测量中,常用二维高斯函数表示光学成像系统的点扩散函数h(x,y,di),即

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根据钢材应力腐蚀开裂的机理[1],可将其分为氢致开裂型(HE)和阳极溶解型(AD)两大类。如果阳极溶解即钢材的腐蚀对应的阴极反应是析氢过程,且释放出的氢原子分散到钢材中并对钢材裂纹的形成与扩展起决定作用,这种应力腐蚀就称为氢致开裂型应力腐蚀;如果钢材的腐蚀对应的阴极反应是析氢过程,但是释放出的的氢原子太少,不足以引起钢材的氢致开裂,钢材裂纹的形成与扩展都是由阳极溶解控制的,这种应力腐蚀就称为阳极溶解型应力腐蚀。

Zhu CQ, Zhu DM, Yin XM, Shen XL, Zhou ST, Cao ZL, Chen GW, Wang GP, Li SJ, Bai XG, 1999. Insect Fauna of Henan, Coleoptera (1). Henan Science Technology Press, Zhengzhou. 126-143. [祝长清, 朱东明, 尹新明, 沈祥林, 周善田, 曹宗亮, 陈广文, 王高平, 李素娟, 白旭光, 1999. 河南昆虫志, 鞘翅目(一). 郑州: 河南科学技术出版社. 126-143]

 
林爱丽,李欣欣,赵新成,宋南
《昆虫学报》 2018年第04期
《昆虫学报》2018年第04期文献

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