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2002年9月，滨州医学院烟台校区投入使用；2003年6月，学校获得硕士学位授予权，并于2004年招收了人体解剖与组织胚胎学、内科学、口腔临床医学3个专业首届硕士研究生；2006年，在教育部本科教学工作水平评估中获得优秀成绩。

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