《应用生态学报》已成为国内外有影响力的中国生态学，入选“中国期刊方阵”（双效期刊）、“中国科技核心期刊”、“中文核心期刊”，被《中国科学引文库》（CSCD，核心期刊）、《中国科技论文与引文库》（CSTPCD）、《中国学术期刊综合评价库》（CAJCED）、《万方库》、《中国期刊全文库》（GJFD）、《中国学术期刊全文库》、《中文科技期刊文摘库》、美国《生物学文摘》（BA）、《化学文摘》（CA）、英国《生态学文摘》（EA）、《科学技术文献速报》（CBST）和俄罗斯《文摘杂志》（AJ）等国内外十多家权威检索系统和库收录。曾获全国优秀科技期刊三等奖（1992年），中国科学院优秀期刊二等奖（1992、1996、2000年）及百种中国杰出学术期刊（2004年）称号。《应用生态学报》2009年影响因子和总被引频次分别居国内生物学类期刊第3名和第2名
《应用生态学报》已成为国内外有影响力的中国生态学，入选“中国期刊方阵”（双效期刊）、“中国科技核心期刊”、“中文核心期刊”，被《中国科学引文库》（CSCD，核心期刊）、《中国科技论文与引文库》（CSTPCD）、《中国学术期刊综合评价库》（CAJCED）、《万方库》、《中国期刊全文库》（GJFD）、《中国学术期刊全文库》、《中文科技期刊文摘库》、美国《生物学文摘》（BA）、《化学文摘》（CA）、英国《生态学文摘》（EA）、《科学技术文献速报》（CBST）和俄罗斯《文摘杂志》（AJ）等国内外十多家权威检索系统和库收录。曾获全国优秀科技期刊三等奖（1992年），中国科学院优秀期刊二等奖（1992、1996、2000年）及百种中国杰出学术期刊（2004年）称号。
《应用生态学报》2009年影响因子和总被引频次分别居国内生物学类期刊第3名和第2名