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EX16+10Y试剂盒检测新疆维吾尔族人群的效能

更新时间:2016-07-05

目前,法医物证DNA个体识别检验主要采用常染色体STR分型试剂盒,父系遗传检验主要采用Y染色体STR分型试剂盒。有些情况下,个体识别和父系遗传检验需同时进行,为解决两种试剂盒分别检验带来人力物力的浪费,以及物证量微带来的检验困难等难题,本课题组采用EX16+10Y试剂盒对4620份新疆维吾尔族男性个体血样同时检测15个常染色体STR基因座和10个Y染色体STR(Y-STR)基因座,评估EX16+10Y试剂盒的检测效能。

1 材料与方法

1.1 样本

保存在FTA卡上的男性血液样本4620份,样本为随机采集的新疆维吾尔族未知关系个体,血样贡献者均为志愿者,并签署知情同意书。

1.2 主要试剂及仪器

EX16+10Y试剂盒(无锡中德美联生物技术有限公司)。3130xl基因分析仪、9700型PCR仪(美国AB公司),DB-100A手动打孔仪(北京达博创新科技开发有限公司)。

1.3 方法

1.3.1 样本准备

采用DB-100A手动打孔仪截取直径1.2mm FTA血样卡滤纸放入96孔板,直接采用EX16+10Y试剂盒进行PCR扩增。同时以9948A为阳性对照,以去离子水为阴性对照。

1.3.2 PCR扩增

聋生是一个特殊群体,因此从受基础教育以来就受到特殊对待,长期受到学校的保姆式关怀和照顾,导致大部分聋生独立性差、心智不成熟。尽管有个人生活自理能力,但是社会融入能力较差,尤其涉及到需要沟通交流的事务处理,往往还需要依赖辅导员处理;而正是由于他们的特殊性,他们极其渴望被关注,缺乏安全感,甚至采取一些较为极端的语音或行动求关注。保姆式的学生管理虽然让他们在校内感受到了关爱,但他们步入社会后,离开了教师、辅导员的关怀,将难以适应调整,减缓了他们融入社会的步伐。

总反应体积 25 μL,包括:反应混合物 10 μL,引物混合物 5 μL,热启动 Taq 酶 1 μL(5 U),1.2 mm 滤纸片,去离子水9 μL。其中反应混合物:Mg2+终浓度0.9 mg/L,dNTP终浓度 0.28 mmol/L,BSA 终浓度0.9 mg/L,Tris-HCl 10 mmol/L,KCl 50 mmol/L,四甲基氯化胺10mmol/L,NaN30.008%。

1.3.2.1 STR基因座信息

1.3.3 电泳分析

EX16+10Y试剂盒中常染色体基因座包括:D3S1358、D13S317、D7S820、D16S539、D19S433、TPOX、TH01、D2S1338、CSF1PO、vWA、D5S818、FGA、D8S1179、D21S11、D18S51;Y染色体基因座包括:DYS390、DYS391、DYS392、DYS393、DYS438、DYS456、DYS458、DYS635、DYS385a/b。

1.3.2.2 PCR扩增条件

长期以来,对山洪灾害的预测预报研究相对滞后,目前可遵循的科学方法和实践经验不多,业务建设能力和预测水平远不能适应当前防御山洪灾害的实际需要。因此,要加强山洪灾害预报技术的研究,提高小流域山洪预报的精度和时效。

PCR反应程序:95℃ 2 min;94℃ 30 s,55℃1min,72℃ 1min,循环 33 次;70℃ 1h;4℃持续。

(1)改善贫困户信贷服务可获得性。1986年以来,政府一直以财政贴息的方式通过承贷金融机构向贫困地区提供专项扶贫贷款,以改善贫困地区和贫困农户的信贷服务。到2015年专项扶贫贷款累计已发放超过3000亿元[注]数据来自《中国扶贫开发年鉴2016》。。2015年以来中国金融机构给扶贫对象发放精准扶贫贷款,进一步提高了扶贫资金到户的比例和规模,贫困户获得贷款比重达到29%,户均获得精准扶贫贷款近4万元[2]。

PCR产物用3130xl基因分析仪进行毛细管电泳,用GeneMapper®ID v3.2软件进行基因型分析。当分型图谱的峰值大于100RFU时,满足检验分析要求。

室温下,分别用超纯水配制50 mL质量浓度分别为 50、100、150、200、300、500 ng·L-1的 HHCB和AHTN溶液,PAC投加量为80 mg·L-1(即4 mg),反应时间为120 min。不同合成麝香初始质量浓度对2种合成麝香去除率的影响如图6所示。

15个常染色体STR基因座的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(P〉0.05),Ho 为 0.637~0.838,PIC为 0.580~0.860,DP 为 0.811~0.978,累积个体识别率为0.99999999999999999。三联体累积非父排除率(CPE)达0.999998084,满足亲子鉴定需要。15个常染色体STR基因座的群体遗传学参数见表1。

1.4 统计学处理

采用PowerMarker V3.25[1]计算常染色体STR基因座观察杂合度(Ho)、多态信息含量(PIC),采用Powerstate软件计算个体识别率(DP)、匹配概率(Pm)、三联体非父排除率(PEtrio)。对各基因座等位基因进行Hardy-Weinberg平衡分析。

式中,n为样本数,Pi为单倍型频率。

Y-STR基因座等位基因频率采用直接计数法,基因多样性(GD)计算公式为:

2 结 果

2.1 15个常染色体STR基因座分型结果

4620份血样全部获得清晰的分型图谱,峰值大于100RFU,满足检验要求。等位基因的碱基数与Ladder相应等位基因的碱基数偏差介于±0.5 bp。阳性参照物9948的分型结果正确,均衡性好,阴性参照物无基因峰。

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表1 15个常染色体STR基因座的群体遗传学参数(n=4620)

基因座 H o P I C D P P E trio P m D 1 3 S 3 1 7 0.7 9 2 0.7 9 0 0.9 4 5 0.6 0 9 0.0 7 5 D 1 6 S 5 3 9 0.7 8 1 0.7 7 0 0.9 2 6 0.5 6 2 0.0 7 8 D 1 8 S 5 1 0.8 3 8 0.8 6 0 0.9 6 8 0.6 9 1 0.0 4 5 D 1 9 S 4 3 3 0.8 1 4 0.7 9 0 0.9 5 4 0.6 3 8 0.0 5 8 C S F 1 P O 0.7 3 4 0.7 9 0 0.8 9 2 0.4 7 2 0.1 2 9 D 2 1 S 1 1 0.8 1 1 0.8 1 0 0.9 5 3 0.6 4 2 0.0 6 2 D 2 S 1 3 3 8 0.8 2 4 0.8 6 0 0.9 7 8 0.7 3 1 0.0 3 8 D 3 S 1 3 5 8 0.7 1 5 0.6 9 0 0.8 6 8 0.4 7 2 0.1 3 2 D 5 S 8 1 8 0.7 8 3 0.7 4 5 0.9 2 3 0.5 3 6 0.0 9 4 D 7 S 8 2 0 0.7 8 6 0.7 5 8 0.9 2 4 0.5 5 7 0.0 8 8 D 8 S 1 1 7 9 0.8 1 7 0.8 3 0 0.9 5 8 0.6 7 1 0.0 5 4 F G A 0.8 0 7 0.8 5 0 0.9 7 1 0.7 1 2 0.0 3 9 T H 0 1 0.7 2 0 0.6 5 9 0.8 6 8 0.3 8 5 0.1 4 5 T P O X 0.6 3 7 0.5 8 0 0.8 1 1 0.3 2 8 0.2 0 3 v W A 0.7 6 8 0.7 9 0 0.9 3 5 0.5 9 7 0.0 7 1

2.2 10个Y-STR基因座的遗传多态性

10个Y-STR基因座在4620份新疆维吾尔族男性个体中共观察到766种单倍型,具有8个、9个、10个相同单倍型的分别为20、10、2人。DYS391的GD值最低(0.4537),DYS385a/b 的GD 值最高(0.9232)。YSTR基因座的等位基因频率分布和GD值见表2~3。

表2 新疆维吾尔族人群10个Y-STR基因座的等位基因频率 (n=4620)

DYS390 DYS392 DYS393 DYS456 DYS385a/b等位基因 频率 等位基因 频率 等位基因 频率 等位基因 频率 等位基因 频率10 0.0012 7 0.0108 10 0.0017 12 0.0219 8 0.0005 18 0.0003 9 0.0002 11 0.0067 13 0.0174 9 0.0027 19 0.0033 10 0.0305 12 0.4624 14 0.1382 10 0.0108 20 0.0017 11 0.2455 13 0.3316 15 0.5734 11 0.1296 21 0.0134 12 0.1228 14 0.1475 16 0.1955 12 0.1927 22 0.0576 13 0.2709 15 0.0411 17 0.0694 13 0.1847 23 0.3972 14 0.2618 16 0.0007 18 0.0127 14 0.0992 24 0.3016 15 0.0351 DYS635 19 0.0013 15 0.0482 25 0.1825 16 0.0075 等位基因 频率 DYS458 16 0.0684 26 0.0278 17 0.0057 10 0.0003 等位基因 频率 17 0.0662 27 0.0036 DYS438 11 0.0019 14 0.0235 18 0.0706 28 0.0004 等位基因 频率 12 0.0039 15 0.1672 19 0.0672 DYS391 8 0.0029 13 0.0025 16 0.1988 20 0.0431等位基因 频率 9 0.0439 14 0.0014 17 0.2493 21 0.0162 6 0.0048 10 0.6307 15 0.0011 18 0.1986 22 0.0064 7 0.0045 11 0.2721 16 0.0011 18 0.0027 23 0.0028 8 0.0019 12 0.0421 18 0.0017 19 0.0938 24 0.0019 9 0.0473 13 0.0072 19 0.0944 20 0.0479 25 0.0021 10 0.7209 14 0.0011 20 0.2083 21 0.0259 26 0.0019 11 0.2208 15 0.0025 21 0.3101 22 0.0143 12 0.0066 16 0.0011 22 0.1668 23 0.0042 13 0.0023 17 0.0012 23 0.1411 24 0.0018 15 0.0011 24 0.0561 25 0.0003 16 0.0003 25 0.0149 26 0.0028

表3 新疆维吾尔族人群10个Y-STR基因座的GD值(n=4620)

基因座 GD 基因座 GD DYS390 0.7254 DYS456 0.6157 DYS391 0.4537 DYS458 0.8351 DYS392 0.7547 DYS635 0.8128 DYS393 0.6388 DYS385a/b 0.9232 DYS438 0.5281

3 讨 论

STR基因座分型是目前主要的法医检验方法,探索如何增强STR基因座分型检验效能有实际意义。一般常染色体STR复合扩增用于个体识别,Y-STR复合扩增用于家系排查,这样分别检验,能满足部分工作的需要,如仅需要个体识别的案件或前科人员库的建立。在某些案件中,需要同时进行个体识别或家系排查,若将常染色体STR和Y-STR基因座同时扩增,能提高检材利用率,缩短检验时间,为案件快速侦破提供帮助。

EX16+10Y试剂盒中15个常染色体STR基因座和AmpFℓSTRTMIdentifilerTMPlus PCR扩增试剂盒(美国AB公司)中基因座完全相同,和DNA联合索引系统(CODIS)结合方便,便于实验室数据比对和共享。15 个常染色体 STR 基因座的 DP〉0.8、Ho〉0.7(除 TPOX外),联合应用可用于同一认定。PE值高,满足三联体亲子鉴定要求。相关研究董研等[2-3]已有报道。

EX16+16Y试剂盒中10个Y-STR基因座选择了AmpFℓSTRTMYfilerTMPCR扩增试剂盒(美国AB公司)中多态性较高的基因座。本研究中所有男性样本在Y-STR基因座均只检出1个等位基因。多态性分析发现,DYS391的GD值最低,为0.4537,DYS385a/b的GD值最高,为0.9232。与周卫江等[4]用AmpFℓSTRTM YfilerTMPCR扩增试剂盒对288名新疆维吾尔族群体的多态性研究进行了数据比对,GD值经t检验,差异无统计学意义。

为验证检验结果,我们对调查样本进行了实地调查,10个Y-STR基因座不相同者无血缘关系。结果表明,EX16+10Y试剂盒能满足大批量排查工作。但也有部分10个Y-STR基因座分型相同者,并未显示有血缘关系,对于这种情况,可通过增加Y-STR基因座检测进一步确认他们是否为同一家族。后期我们将开发EX16+16Y试剂盒,以提高排查的准确性。

参考文献:

[1]刘亚举,张俊涛.几款遗传学分析软件在法医生物统计中的应用[J].河南科技大学学报(医学版),2014,32(1):62-64.

[2]董研,林双双,曹禹,等.15个常染色体和10个Y-STR基因座复合扩增试剂盒的研发[J].法医学杂志,2015,31(5):373-376,380.

[3]ZHOU H,BI G,ZHANG C,et al.Developmental validation of forensic DNA-STR kits:Expressmarker 16+10Y and expressmarker 16+18Y[J].Forensic Sci Int Genet,2016,24:1-17.

[4]周卫江,李平.新疆维吾尔族群体16个Y-STR基因座遗传多态性[J].中国法医学杂志,2011,26(1):61-62.

毕钢,张晨,董研,焦海涛,董雷,周怀谷
《法医学杂志》 2018年第02期
《法医学杂志》2018年第02期文献

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